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通过前面的和另外大量的例子，我们就要提出这样的疑问，要怎么去弄清楚这种繁杂的逐步分级步骤与通过种种办法来获得同样的目的呢？答案自然就是我们前面已经谈到的，相互间有点差别的两种类型在出现变异的时候，其变异的性质不是完全相同的，就算是为了相同的普遍目的，在经过自然选择的作用之后，所获得的结果也不会是一样的。我们还应该明白：所有非常发达的生物可能一次比一次更进步，因为它们全部都经历过诸多变化，所有经过变异的构造都被传递下去，而且不可能很容易地失掉。所以，构成物种的所有构造，都是该物种在不断适应习性和生活条件的变化中获得的，不管它的服务目的是什么，它们全部是众多遗传变异的综合结果。
最后，我们现在看到的存在的与已知的类型和灭绝的与未知的类型相比，前者的数量极其少，然而让我感到奇怪的是，我很难列举出一种没有经过过渡时期而构成的器官，尽管在诸多情况下，就算是要推测经历何种过渡状态器官才能达到现今的状态也是很不容易的。实际情况自然是这样的，在所有生物里，为了某种特殊目的而创造新器官的情况是不常出现或者没有出现过的--正像自然史所说的那样，“自然界里没有飞跃”，虽然这句格言是久远的且略显夸大的。
这句格言差不多被每个有经验的博物学家的著述所接受；但也可能像米尔恩·爱德华曾经说过的，“自然界”在革新方面是缓慢的，即使在变化方面是巨大的。倘若特创论的结论是正确的，那么变异如此多，而真正新颖的东西却如此少该如何解释呢？既然众多独立生物是为了适应于自然界的某个位置而被分别创造出来的，那么其所有部分和器官如此普遍地被逐步分级的多个步骤联系在一块儿又要怎么解释呢？ “自然界”在从这一构造到另一构造时，为什么不进行突兀的飞跃呢？但是我们按照自然选择的学说就可以清楚地解释为什么“自然界”不应当如此；因为自然选择的飞跃永远不会是巨大而突兀的，其发展步伐必定是短暂的、实在的，显得有些缓慢的，因为它发挥作用仅仅是通过运用细微的、接连不断的变异。
看上去较次要的器官受到自然选择的作用
我偶尔会觉得，在研究较次要的部分的起源或成就的时候极不容易，就像了解最完善的和最繁复的器官时的情况一样，虽然这类困难迥乎不同，因为自然选择在发挥其作用时，是通过死亡或者生存，即让较不适合者灭亡，让最适合者生存。
首先，我们还不能够解释哪种微细变化是重要的或是次要的，因为我们还不是很了解关于生物的一切机构。通过前面一章里我列举出的有关细微性状的几个事例，我们发现真正会受到自然选择作用的，是那些和体质的差别有关，或者与决定昆虫是不是会进攻有关的要素，比如四足兽的皮与毛的色彩，果实上长的茸毛，果肉的色彩。乍一看，大概无法令你相信，长颈鹿那个长得极像人工制造的蝇拂的尾巴，是为了适合于类似赶走苍蝇之类的烦琐之事，它是经过了不断的、细小的变异，而且每回的变异都是为了更加适应诸如上述琐事；我们知道，南美洲的牛与别的动物的生存和分布完全取决于抵抗昆虫进攻的能力，因此即使在上述情况之下，在作出肯定回答之前，也要经过一定的思考；因此，要想使某种个体延伸到新牧场，这种个体就要有能避免这类小敌害的重大优势。事实上，并非是苍蝇消灭掉了此类大的四足兽 （除了一些不多的例子外），而是由于在不断地被打扰的过程中，四足兽的体力降低了，而且更容易患病，导致它们不能有效地逃脱食肉兽的攻击，或者不能在饥荒来临的时候寻找到食物。
在某些情况之下，有些器官在某段时间内缓慢地完善化了以后，可能在现今的用处已经很少了，在目前来说是比较次要的器官，但是对古代的祖先而言也许是极其重要的，在现在生存着的物种体内，仍然以差不多同样的状态存在着；但是自然选择也会阻止它们在构造上的任何事实上的有害偏离。我们知道尾巴对大部分水栖动物来说，是一种至关重要的运动器官，我们可以运用上述理论去解释它在大部分陆栖动物（能够证明它们的起源是水栖的是从肺或是发生了变异的鳔）身上的一般存在和许多功用。如果在一种水栖动物身上形成了一条充分发展的尾巴，它的功用可能多种多样，比如用作蝇拂，用作持握器官，或者如狗尾巴那样地用来转弯，尽管尾巴对转弯的帮助作用不太大，因为山兔能够更快地转弯，但是它近于没有尾巴。
其次，我们很容易错误地认为某些形状是经过自然选择形成的，这样就很容易错误地判断它的重要性。我们不能忽略的一点是：相关作用、补偿作用、一部分逼迫另一部分等复杂的成长法则所引发的结果，是恢复早已丢失的性状的趋向所造成的结果；所谓自发变异是好像和外部环境很少发生联系的变异所导致的结果；是改变了的生活条件的一定影响所造成的结果；还有性选择所造成的结果，尽管这些性状的改变对另一性来说没有丝毫作用，但是经过这一选择，它们能够或多或少地将这一性传播给另外一性，并且经常得到它的有用性状。对于一个物种来说，尽管如此间接得到的构造在早先并没有显现更多的益处，但是在新得到的习性中和新的生活环境下，却会被它的变异了的后代更好地加以利用。