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我们分类通常显著地受到亲缘关系的连锁影响，确定全部鸟类所共有的很多性状是最容易不过的了；可是在甲壳类里，如此的肯定直到目前还被看成是不可能的。有一些甲壳类，它的两个极端的类型差不多无一种性状是共同的；但是两极端的物种，因为十分的近似于其他物种，但是这些物种又近似于另外的一些物种，如此关联下来，就能够明确地认为其属于关节动物纲，而非属于别的一些纲。
地理分布也经常被应用在分类中，尤其是被用在密切近似类型的大群的分类里，即便这并不算十分合理。爱明克主张此方法在鸟类的一些群中是有用的、甚至是不可缺少的；一些昆虫学者与植物学者也曾采用过此方法。
最后，对于每一物种群，如目、亚目、科、亚科及属等的相对价值，照我来说，至少在目前，差不多是随意估定的。某些最优秀的植物学者像本瑟姆先生和其他人士，曾都鲜明地主张其随意的价值。可以列举一些有关植物与昆虫的事例，比如，某一群开始被有经验的植物学者仅仅归类为一个属，后来其又被提升为亚科或科的等级：此般做并非由于进一程度的研究发现到以前开始没有看到的重要结构的差异，却是由于有着略微不同级进的各种相差无几的很多近似物种之后被找到了。
全部上述分类上的规则、根据与难点，假如我的看法无多大错误，都能依照下述观点得以说明，那就是，“自然系统”的依据是伴随着变异的生物起源学说的；博物学者们觉得两个或两个以上物种之间那些可以显现真实亲缘关系的性状都遗传自相同祖先，全部真实的分类都是依照家系的，共同的家系即博物学者们无意识地追求的不易发觉的纽带，而并非一些未知的创造计划，也并非普通命题的说明，更非简单地把多少相似的对象混合。
然而我应该更充分地说明我的观点。我确信每一纲中的群依据适当的从属关系和相互间关系的排列，应该是严格系统的，这样方能达到自然的分类；然而一些分支或群，近似程度虽和共同祖先血统的关系是等同的，但由于它们经历程度不一样的变异，它们的差异量却大有不同；这是由这些类型被归在不相同的属、科、部或目中而表现出来的。倘若读者不怕麻烦去参阅第四章的图解，便能非常好地理解这里所讲的意思。我们设定由A至L代表在志留纪生存的近似的属，而且其传自于某一更古老的类型。其中三个属（A、F与I）中，都有一个物种流传下变异了的后代至今，而在最高横线上的十五个属（a14至z14）就是其代表。
那么，传自于单一物种的一切这些变异了的后代，血统上、及家系上都有着相同程度上的关系；可以把它们比作是第一百万代的宗兄弟；但是它们相互之间有着广泛及不同程度的差异。传自于A的、现在分为两个或三个科构成一目，但是传自于I的，也分为两个科，构成了其他的目。传自A的现存物种已不可以和亲种A归入相同个属；传自于I的物种也无法和亲种I归入相同个属。能够设定现存的属F14只有相当少的改变；所以能够与祖属F同归一属，就如一些少数目前依旧存在的生物属于志留纪的属一样。因而，这些在血统上都经由相同程度彼此关联的生物之间所显明的差异的相对价值，就很不一样了。即便这样，其系统的排列不单单在目前是真实的，而且在后代的每一连续的时期中也同样是真实的。
传自于A的全部变异了的后代，都在其共同祖先那遗传了一些相同之物，传自于I的全部后代也是如此；在每一连续的阶段上，后代的各个从属的分支也都是如此。可是倘若我们设定A或I的全部后代变异得这样的大，因而丧失了其出身的全部痕迹，在此情况下，它在自然系统中的地位被丧失了，一些少数现存的生物似乎以前发生过此种情况。F属的全部后代，顺着其整个系统线，设定只有非常少的变化，它们便构成单独的一属。可是此属，尽管很孤立，就会占据它应有的中间地位。表示群，就像这里用平面的图解指出的，太过于简单了。分支应向各个地区分出去。假如把群的名称仅仅是简单地在一条直线上写出，该表示就更加不自然了；而且众所周知，我们在自然界中在同一群生物间所了解的亲缘关系，通过平面上的一条线表示出来，肯定是不可能的。因此自然系统就如宗谱一般，在排列上是按照系统的；可是不同群曾所经历的变异量，应该通过以下方法来显示，那就是把它们归于不同的所谓属、亚科、科、部、目和纲中。
通过一个语言的例子来说明此种分类观点，是很有用的。倘若我们拥有人类的完好的谱系，则人种的系统的排列将会对目前整个地球上全部不同语言提供最佳的分类；倘若把全部目前不用的语言及全部中间性质及慢慢变化着的方言也包含在内，则如此的排列将是唯一可能的分类。可是一些古代语言也许变化很少，而且新语言的产生也占少数，但另外的古代语言由于同宗的各族在分布、分隔以及形态方面的关系以前有很大的变化，所以产生了很多新的方言与语言。相同语系的每一语言之间的或多或少的差异，应该用群下有群的分类方法来加以说明；可是正当的、甚至唯一可能有的排列依然是系统的排列；这将是严格自然的，因为它依照最密切的亲缘关系连接了全部的古代与现代的语言，而且指出各个语言的分支及起源。