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在化石状态中仅有某些纲的生物才可以以大量的数目被留存下来，相当多的物种一旦形成之后倘若再也不产生任何变化，便会绝迹而没能留下变异了的后代；且物种产生变化的时间，即便用年来计量是漫长的，可较之物种保持相同类型的时间来说，可能还是短的。分散广的与占优势的物种，极易产生变异，且变异最多，最初变种又通常是区域性的--因为这两个原因，不是很容易在无论哪一个地层里找到中间链条。区域变种未经过多多少少的变异与改进，是不可能分散到另外的遥远地区的；当它们分散开来，而且被发现在一个地层中的时候，看起来他们似乎是在那个地方突然被创造出来一样，因而就被简单地列为新的物种。有关沉积过程大部分地层是断断续续的；其持续的时间也许比物种类型的平均延续时间要短。一般，长久的空白间隔时间把不间断的地质层分离：由于有着化石的地质层，其厚度足够用来抵御今后的腐蚀作用，依照惯例，仅在海底下降且有诸多沉积物的地方，这样的地质层才可以得以堆积，通常在水平面上升与静止交替的时期，是无地质纪录的。在后者中，生物类型可能会有更多的变异性；在下降时期，通常有更多的绝迹。

有关寒武纪地质层以下富含化石的地层不足的问题，我仅有回到第十章中提出的假设，也就是，在长时期内我们的大陆与海洋尽管保持了和目前基本上相似的相对位置，可是我们无理由去假设一直都是这般；因而在大洋之下或许还埋藏着比现今已知的一切地质层更为古老的地质层。有人觉得从我们这个行星凝固之后所历经的历史，并不可以让生物实现所设想的变化量，就像汤普森爵士所竭力阐述的，此异议可能是以前提出来的最有力的异议。对于此点我仅能说：首先，倘若用年计算，我们对物种以怎样的速率产生变化不了解；其次，诸多哲学家仍旧不愿意承认，我们对宇宙与地球内部的构成已有了充足的认知，能够用以稳妥地估测地球既往的时间长度。

对地质纪录不完全大家都不否认；可是极少的人愿意承认其不完全已达到了我们的学说所需要的那种程度。倘若我们观察到足够长久的间隔时间，地质学说就明了地表明所有物种都产生了变化；且是依据学说所要求的那种方式产生变化，由于它们都是慢慢地而且经由渐变的方式产生变化。在连续地质层中的化石遗骸中我们能够清晰地看到此种情况，较之于间隔十分远的地质层中的化石遗骸之间的相互关系，此类地质层中化石遗骸之间的相互关系还要密切些。

上述便是能够正当地提出来否认该学说的若干关键异议与难点的概述，现今我已就我所了解的简单地重述了我的回答与说明。很久以来我深感这些困难是此般严重，使得我不能够怀疑其分量。可尤其值得让人注意的是，更有分量的异议有关于我们公认的无法知道的那些领域；并且我们还不明白自己无知到哪种地步。我们还不明白由最简单的至最完善的器官之间的所有可能的过渡级进；我们也不能假装已经了解，在悠长岁月里“分布”的五花八门的方法，又或是地质纪录是哪般的不完全。即便这若干异议是有力的，可依照我的判断它们还未能达到推翻伴随着后代变异的生物起源学说的地步。

现在让我们说说争论的另一方面。在家养环境下，我们了解到经由变化了的生活环境所产生的或者至少是所激起的相当多的变异性；然而它通常以如此不清晰的方式产生，使得我们极易把变异当成是自然发生的。变异性被诸多复杂的法则所支配，此等法则涵盖有关生长、补偿作用、器官的增强使用与不使用、还包括附近条件的一定作用。我们不易确定曾经家养生物发生过多少变化，可我们能够有把握地推论，变异量是非常大的，并且变异可以相当长时间地遗传下去。只要生活环境保持稳定，我们就可以确信，已遗传了诸多世代的变异能够继续遗传到近乎数不清的世代。另一方面，我们有理由能说明，变异性一旦产生作用于家养环境下就能够在相当长的时期内继续下去；我们尚不了解它什么时候停止过，因为就算是最古老的家养生物时不时也会产生新变种。

事实上变异性并非由人引起；把生物置于新的生活环境之下仅是人类的某种无意识行为，这样生物的体制自然就被作用，因而使得它产生变异，然而人可以并且的确选择了自然赠与他的变异，因而依据所有需要的方式使变异积累。此般，他就能够让动物与植物和他自己的利益或者爱好相适应。他能够有计划地或者无意识地这样做，该无意识选择的方法即他把对其最有用或最适合自己的爱好的那些个体存留下来，可是并不试图改变品种。他必定可以借助训练有素的眼睛，在各个持续世代中选择那些相当微小的个体差异，来强有力地影响某个品种的性状。在最明显的与最有用的家养品种的产生过程中这一无意识的选择过程一度发挥了非常大的作用。在相当大的程度上人所造就的很多品种有着自然物种的状态，相当多的品种竟是变种或本来是相异的物种这一很难解决的疑难问题已经明示了该事实。